Re: [Getfem-users] Make Error

[Julien Pommier]

Hello Pepe,

In your ./configure command line, the MEX=/opt/matlab2006b/bin is wrong, it
should be something like

MEX=/opt/matlab2006b/bin/mex

and then the gf_matlab should build fine.

Julien

Quoting soy yo <address@hidden>:

>
> Hi,
>
> I'm trying to install getfem++.3.0.4 and the matlab interface, as well as
> gmm++ on Suse10.2
>
> I already insalled Atlas, Matlab and upgrade gcc to gcc4.2:
>
> >> gcc -v
> Usando especificaciones internas.
> Objetivo: i686-pc-linux-gnu
> Configurado con: ./configure
> Modelo de hilos: posix
> gcc versión 4.2.0
>
> >> g++ -v
> Usando especificaciones internas.
> Objetivo: i686-pc-linux-gnu
> Configurado con: ./configure
> Modelo de hilos: posix
> gcc versión 4.2.0
>
> >> cd /opt/matlab2006b/
> >> ls
> activation  etc     install_matlab      jhelp        rtw        sys
>   update    X11
> bin         extern  install_matlab.out  license.txt  simulink   toolbox
>   .VERSION
> demos       help    java                patents.txt  stateflow
> trademarks.txt  work
>
> >> cd /opt/matlab2006b/bin/
> >> ls
> activate_matlab.sh  glnx86         matopts.sh     mex         mw_smpd
> util
> engopts.sh          ldd            mbuild         mexext      optsetup.sh
> worker
> f90opts.sh          matlab         mbuildopts.sh  mexopts.sh  registry
> gccopts.sh          .matlab7rc.sh  mcc            mw_mpiexec  scripts
>
>
> I downloaded getfem++.3.0.4 on the Desktop:
>
> >> cd /home/Pepe/Desktop/getfem++.3.0.4
> >> ls
> aclocal.m4    config.log     depcomp                        interface
> NEWS
> AUTHORS       _configs.sed   getfem-config                  libtool
> py-compile
> bin           config.status  getfem-config.in               ltmain.sh
> README
> BUGS          config.sub     getfem-config-notinstalled     m4
> src
> ChangeLog     configure      getfem-config-notinstalled.in  Makefile
> stamp-h1
> compile       configure.in   gmm-config                     Makefile.am
> superlu
> config.guess  contrib        gmm-config.in                  Makefile.in
> tests
> config.h      COPYING        INSTALL                        missing
> tests-2.0
> config.h.in   cubature       install-sh                     mkinstalldirs
>
>
> and then I began with the installation:
>
> >> cd /opt/
> >> mkdir GetFem++
> >> cd Desktop/getfem++.3.0.4
> >> ./configure BLAS_LIBS="-L/usr/lib/atlas/lib/ -latlas -lf77blas"
> --enable-matlab MEX=/opt/matlab2006b/bin --enable-shared
> --prefix=/opt/GetFem++
> /////// lots of  output //////
> config.status: creating interface/tests/matlab/private/Makefile
> config.status: creating interface/tests/python/Makefile
> config.status: creating getfem-config
> config.status: WARNING:  getfem-config.in seems to ignore the --datarootdir
> setting
> config.status: creating getfem-config-notinstalled
> config.status: creating gmm-config
> config.status: WARNING:  gmm-config.in seems to ignore the --datarootdir
> setting
> config.status: creating config.h
> config.status: config.h is unchanged
> config.status: executing src/getfem/getfem_arch_config.h commands
> config.status: creating src/getfem/getfem_arch_config.h - prefix GETFEM for
> config.h defines
> config.status: src/getfem/getfem_arch_config.h is unchanged
> config.status: executing depfiles commands
> ------------------------------------------------------------------------------
> If you want to build the shared library of getfem++, use --enable-shared
> (by default, only the static one will be built)
> Not using the qhull library. Mesh generation will be disabled.
>
> Link options for the BLAS library: -L/usr/lib/atlas/lib/ -latlas -lf77blas
> You can give the location of your prefered blas library with either
> the --with-blas= option, or the BLAS_LIBS environment variable
> for example: ./configure BLAS_LIBS="-L/usr/lib/atlas/sse2 -lblas"
> ---------------------------------------
> Ready to build getfem++
>   building MATLAB interface: YES
>   building PYTHON interface: NO (requires numarray)
>
> >> make
> /////// lots of output /////////
> .libs/gf_mesh_fem.o .libs/gf_mesh_fem_set.o .libs/gf_mesh_fem_get.o
> .libs/gf_mesh_im.o .libs/gf_mesh_im_set.o .libs/gf_mesh_im_get.o
> .libs/gf_mdbrick.o .libs/gf_mdbrick_get.o .libs/gf_mdbrick_set.o
> .libs/gf_mdstate.o .libs/gf_mdstate_get.o .libs/gf_mdstate_set.o
> .libs/gf_eltm.o .libs/gf_mesh.o .libs/gf_mesh_set.o .libs/gf_mesh_get.o
> .libs/gf_slice.o .libs/gf_slice_get.o .libs/gf_slice_set.o
> .libs/gf_levelset.o .libs/gf_levelset_get.o .libs/gf_levelset_set.o
> .libs/gf_mesh_levelset.o .libs/gf_mesh_levelset_get.o
> .libs/gf_mesh_levelset_set.o .libs/gf_precond.o .libs/gf_precond_get.o
> .libs/gf_asm.o .libs/gf_fem.o .libs/gf_fem_get.o .libs/gf_integ.o
> .libs/gf_integ_get.o .libs/gf_workspace.o .libs/gf_delete.o
> .libs/getfemint_workspace.o .libs/getfemint_mesh.o .libs/getfemint_mesh_fem.o
> .libs/getfemint_mesh_im.o .libs/getfemint_matelem.o
> .libs/getfemint_matelemtype.o .libs/getfemint_pfem.o .libs/getfemint_integ.o
> .libs/getfemint_pgt.o .libs/getfemint_convex_structure.o
> .libs/getfemint_mdbrick.o .libs/getfemint_levelset.o
> .libs/getfemint_mesh_levelset.o .libs/getfemint_gsparse.o
> .libs/getfemint_gsparse_misc.o
> ranlib .libs/libgetfemint.a
> creating libgetfemint.la
> (cd .libs && rm -f libgetfemint.la && ln -s ../libgetfemint.la
> libgetfemint.la)
> make[4]: se sale del directorio
> `/home/Raul/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src'
> Making all in matlab
> make[4]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab'
> Making all in @gfCvStruct
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfCvStruct'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfCvStruct'
> Making all in @gfEltm
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfEltm'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfEltm'
> Making all in @gfFem
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfFem'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfFem'
> Making all in @gfGeoTrans
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Raul/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfGeoTrans'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfGeoTrans'
> Making all in @gfInteg
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfInteg'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfInteg'
> Making all in @gfMesh
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMesh'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMesh'
> Making all in @gfMeshFem
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMeshFem'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMeshFem'
> Making all in @gfMeshIm
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMeshIm'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMeshIm'
> Making all in @gfSpmat
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfSpmat'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfSpmat'
> Making all in @gfPrecond
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfPrecond'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfPrecond'
> Making all in @gfSlice
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfSlice'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfSlice'
> Making all in @gfMdBrick
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMdBrick'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMdBrick'
> Making all in @gfMdState
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMdState'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMdState'
> Making all in @gfLevelSet
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfLevelSet'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfLevelSet'
> Making all in @gfMeshLevelSet
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMeshLevelSet'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMeshLevelSet'
> Making all in private
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/private'
> make[5]: No se hace nada para `all'.
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/private'
> make[5]: se ingresa al directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab'
> /opt/matlab2006b/bin/ -output gf_matlab -g CDEBUGFLAGS="-O3" LD="g++" \
>         -I. -I./.. -DMATLAB_RELEASE= \
>         ./gfm_mex.c ./gfm_common.c ./../gfi_array.c \
>         ../.libs/libgetfemint.a ../../../src/.libs/libgetfem.a
> -L/usr/lib/atlas/lib/ -latlas -lf77blas  || (rm gf_matlab; false)
> /bin/sh: /opt/matlab2006b/bin/: is a directory
> rm: no se puede borrar «gf_matlab»: No existe el fichero o el directorio
> make[5]: *** [gf_matlab] Error 1
> make[5]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab'
> make[4]: *** [all-recursive] Error 1
> make[4]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab'
> make[3]: *** [all-recursive] Error 1
> make[3]: se sale del directorio
> `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src'
> make[2]: *** [all-recursive] Error 1
> make[2]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface'
> make[1]: *** [all-recursive] Error 1
> make[1]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4'
> make: *** [all] Error 2
>
>
>
> Have you got any idea how can I solve these errors?
>
> Thank you in advance,
>
> Pepe
>
>
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