Re: [igraph] Reading Python-generated graph files with R

[Gábor Csárdi]

The argument is called 'format', i.e.

read.graph("test.graphml", format="graphml")

read.graph should give you an error message, I will correct this,
thanks for the report.

Gabor

On Tue, Jan 13, 2009 at 3:10 PM, ivogt <address@hidden> wrote:
> Hi everybody,
> I have problems with reading graph-files with R previously generated with
> Python igraph module via write().
>
>> g = read.graph('test.ml',type='GraphML')
> Error in read.graph.edgelist(file, ...) :
>  At foreign.c:95 : parsing edgelist file failed, Parse error
>
> I get this error message also with the Pajek file format.
>
> The graph is weighted and directedand initialised as follows:
>
> g =
> graph(edges=arc_list,directed=True,vertex_attrs={'Name':target_IDs},edge_attrs={'Weight':arc_attrs})
>
> Basic analysis and plotting with python works, but as the python
> documentation is quite sparse with regard to examples, and as I have read
> that the functionality is lacking some features present under R, I have
> decided to write the graph to a file and proceed under R.
>
> Thanks a lot,
> Ingo
>
>
> --------
> Abans d'imprimir aquest missatge, si us plau, comprova que és realment
> necessari. El medi ambient és cosa de tots.
>
> Antes de imprimir este mensaje, por favor, comprueba que es realmente
> necesario. El medio ambiente es cosa de todos.
>
> Before printing this e-mail, please make certain it is absolutely necessary.
> The environment is everybody's business.
> --------
>
> La informació continguda en aquest missatge i en qualsevol fitxer adjunt és
> confidencial, privada i d'ús exclusiu per al destinatari.
> Si no és la persona a la qual anava dirigida aquesta informació, si us plau,
> notifiqui immediatament l'enviament erroni al remitent i esborri el
> missatge. Qualsevol còpia, divulgació, distribució o utilització no
> autoritzada d'aquest correu electrònic i dels seus adjunts està prohibida en
> virtut de la legislació vigent.
>
> La información contenida en este mensaje y en cualquier fichero adjunto es
> confidencial, privada y de uso exclusivo para el destinatario. Si usted no
> es la persona a la cual iba dirigida esta información, por favor, notifique
> inmediatamente el envío erróneo al remitente y borre el mensaje. Cualquier
> copia, divulgación, distribución o utilización no autorizada de este correo
> electrónico y de sus adjuntos está prohibida en virtud de la legislación
> vigente.
>
> The information included in this e-mail and any attached files is
> confidential and private. If you are not the intended recipient, please
> notify the sender and delete this message immediately. Dissemination,
> forwarding or copying of this e-mail and its associated attachments is
> strictly prohibited in accordance with current legislation.
> --------
>
>
> _______________________________________________
> igraph-help mailing list
> address@hidden
> http://lists.nongnu.org/mailman/listinfo/igraph-help
>
>



-- 
Gabor Csardi <address@hidden>     UNIL DGM