Tu pourrais, mais franchement c'est pas idéal, pour plusieurs raisons :
1) A chaque mise à jour de Lilypond tu devrais refaire les modifications.
2) Tes fichiers .ly ne se comporteraient pas pareil si tu les envoies à un collègue
3) Si tu commences à faire ce genre de trucs tu risques d'avoir envie de le faire pour d'autres réglages. Vas-tu vraiment te rappeler de tout ?
4) Et si tu veux compiler des fichiers ly de quelqu'un d'autre ça risque de pas s'afficher comme voulu
Je te conseille plutôt de te faire un fichier qui contient tous tes réglages et que tu inclus avec \include dans toutes tes partitions.
Je le fais depuis des années, et au long des années il contient plein de petites commandes perso, genre \dsalcoda ...
Si tu utilises Frescobaldi, tu peux même faire en sorte que le \include soit ajouté à toutes tes nouvelles partitions.
Il faut bien sûr que ce soit toujours le même fichier que tu inclus, et pas une nouvelle copie à chaque fois.
Personnellement j'ai un dossier Partitions, dans lequel j'ai des sous-dossiers pour les divers projets, et mon fichier à inclure. Du coup dans toutes mes partitions, mon include est le même :
(les .. servant à remonter vers le dossier parent)
A+
Christophe