Emacs 26.2.
I do not know exactly the set of cases this bug appears, but here is a way (albeit specific) that works every time for me.
I have the following directory hierarchy:
.
├── d1
│ ├── d1
│ │ ├── a
│ │ ├── b
│ │ ├── c
│ │ ├── d1
│ │ └── d2
│ └── d2
└── d2
├── d1
│ ├── 1
│ ├── 2
│ ├── 3
│ ├── da
│ └── db
└── d2
The d's are directories. If I make d1/d1 my working directory, and then do (exactly this sequence of keys)
C-x C-f, M-b, M-b, C-k, 2<TAB>, 1<TAB>
I am shown only `da` and `db`, and not the files `1`, `2`, or `3`.