Re: [ESPResSo-users] suitable thermostat with coarse-grained water

[Peter Košovan]

Hi Narges,

you are right, Langevin gamma will not affect thermodynamic properties. But it will affect how quickly your system evolves from one state to another. And the integration will only be stable within a certain range of gamma and time step. As a rule of thumb: gamma/time_step~100.

Best,

peter

P.S.: pelase respond to the mailing list, not to individual persons

2015-05-26 10:53 GMT+02:00 Narges Nikoofard <address@hidden>:

Dear Dr. Kosovan,

Many thanks for your prompt help. I am interested in static properties, so it will not cause problems. I also deduce that the value of gamma does not have effect on the static properties.

Thanks again,

Narges Nikoofard

On Tue, May 26, 2015 at 11:51 AM, Peter Košovan <address@hidden> wrote:

Hi Narges,

the first thing you need to specify, is wheter you are interested in thermodynamics (static properties), or dynamics (time-dependent properties). In the former case, you need not worry about dynamics and can happily use the Langevin thermostat. In the latter case, Langevin will perturb the hydrodynamic interactions.

Best regards,

peter

2015-05-26 8:01 GMT+02:00 Narges Nikoofard <address@hidden>:

Dear all,

I am simulating self-assembly of a system of amphiphilic polymers. The water is considered explicitly with coarse-grained beads. What is the suitable thermostat for this system?

With implicit water, I used langevin thermostat with gamma=1. However, in the presence of water, the polymer beads are slowed down both with the friction from thermostat and the coarse-grained water molecules. So, is it correct to still use the same thermostat, but with a very small value for gamma?

Thanks in advance for any help.

Many regards,

Narges Nikoofard

--

Dr. Peter Košovan

Department of Physical and Macromolecular Chemistry

Faculty of Science, Charles University in Prague, Czech Republic

Katedra fyzikální a makromolekulární chemie

Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze

www.natur.cuni.cz/chemistry/fyzchem/
Tel. +420221951290

Fax +420224919752

---

Pokud je tento e-mail součástí obchodního jednání, Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze:

a) si vyhrazuje právo jednání kdykoliv ukončit a to i bez uvedení důvodu,

b) stanovuje, že smlouva musí mít písemnou formu,

c) vylučuje přijetí nabídky s dodatkem či odchylkou,

d) stanovuje, že smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech náležitostech smlouvy.

--

Dr. Peter Košovan

Department of Physical and Macromolecular Chemistry

Faculty of Science, Charles University in Prague, Czech Republic

Katedra fyzikální a makromolekulární chemie

Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze

www.natur.cuni.cz/chemistry/fyzchem/
Tel. +420221951290

Fax +420224919752

---

Pokud je tento e-mail součástí obchodního jednání, Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze:

a) si vyhrazuje právo jednání kdykoliv ukončit a to i bez uvedení důvodu,

b) stanovuje, že smlouva musí mít písemnou formu,

c) vylučuje přijetí nabídky s dodatkem či odchylkou,

d) stanovuje, že smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech náležitostech smlouvy.